性腺（精巣・卵巣）
性腺（男性では精巣、女性では卵巣）そのものが原因となる場合と、命令ホルモンである性腺刺激ホルモン（ゴナドトロピン）の分泌異常が原因となる場合があります。
前者については性腺機能低下症がほとんどで、染色体異常を伴うものとして男性ではクラインフェルター症候群、女性ではターナー症候群があり、主にホルモン補充療法をおこなっています。後者についてもゴナドトロピン分泌不全による性腺機能低下がほとんどで、妊孕性を考える場合には泌尿器科、女性科と連携しながら治療にあたります（視床下部・下垂体の項参照）。